El funcionamiento de la Fundación Instituto Leloir se financia a través de donaciones de particulares, de empresas, aportes de organismos oficiales del área de ciencia y tecnología y de la renta que se obtiene de legados y de un fondo a perpetuidad. Estos ingresos representan el 37% del presupuesto total.

Además de estos fondos institucionales, los investigadores perciben sueldos del CONICET por pertenecer a la Carrera de Investigador Científico y Tecnológico. También por parte de la UBA, aquellos que tienen cargo de Profesor. Para los proyectos de investigación, cada grupo gestiona fondos específicos ante fuentes estatales y privadas, tanto nacionales como internacionales. Un detalle de cada uno de estos subsidios puede verse en la sección correspondiente a cada laboratorio. La suma de todos estos ingresos representa el 63% del presupuesto total.