Bioinformática Estructural

Objetivo general del laboratorio

El principal interés científico es la caracterización global de proteínas, incluyendo características funcionales, estructurales y de interacción con otras moléculas.
Las interrelaciones tanto entre aminoácidos de una proteína como entre proteínas o proteínas con otras moléculas (ej: DNA) forman verdaderas redes de información. Nos interesa  el estudio de estas redes, el estudio de la interacción proteína-proteína, de la unión proteína-DNA y el desarrollo de herramientas de análisis y predicción de las mismas.

Pregunta que se intenta responder

El conocimiento de la estructura y función proteica es de relevancia fundamental para la comprensión de todos los procesos biológicos. Nos planteamos el estudio y desarrollo de herramientas de análisis y prediccion de sitios funcionalmente importantes,  predicción de interacción pretína-proteína y proteína-DNA.

Metodología que se utiliza

• Análisis, manipulación y creación  de bases de datos biológicas.
• Análisis de secuencias de proteínas.
• Análisis estructural de proteínas.
• Análisis de complejos de proteínas.
• Modelado de proteínas por homología y ab initio.
• Identificación y predicción de residuos funcional/estructuralmente importantes en proteínas.
• Estudio de redes de información intra e inter proteínas.
• Desarrollo de software para análisis de datos biológicos.
• Uso de software de aplicación bioinformática.
• Datamining.
• Integración de resultados.

Publicaciones

Marino Buslje, C., Santos, J., Delfino, J.M., Nielsen, M. Correction for phylogeny, small number of observations and data redundancy improves the identification of coevolving amino acid pairs using mutual information. Bioinformatics. 25: 1125-1131 (2009).     PubMed